一、成本對比
冷鏈倉儲建設投資大，系統龐大復雜。比一般常溫物流系統的要求更高、更復雜，建設投資也要大很多，是一個龐大的系統工程。冷鏈物流屬于典型的重資產業態，倉儲、專線物流以城市配送體系等基礎設施的建設需要大量資金投入，上下游全流程，以及在倉儲、設備、人員操作的高度數字化建設工程門檻之高，足以直接將大多數冷鏈企業拒之門外。
至于其他普通倉儲，建設投資成本遠低于冷鏈倉儲，在設施設備上建設門檻相對較低。
二、功能對比
冷鏈倉儲為了確保生鮮果蔬等在流通各環節中始終處于規定的低溫條件下，必須安裝溫控設備，使用冷藏車或低溫倉庫，采用先進的信息系統等。農產品冷鏈物流的成本要比其他物流系統成本偏高。因此冷鏈倉儲具有溫度調節，產品保鮮等功能，適用于生鮮等產品。
其他普通倉儲，多數僅供物品保管與保存，無法調節溫度，不適用于生鮮產品。
三、倉庫管理對比
冷鏈倉儲管理注意事項
(1)冷凍(冷藏)車到后，應立即組織卸貨，以防冷凍車輛的能量損失和貨物的變質與變壞;
(2)貨物進出庫，應由二個人經手，一人負責實物的驗收，一人負責記帳;
(3)貨物入庫，必須經過數量、外觀檢查和質量檢驗;
(4)冷凍產品的裝卸要有專業性工具，如保溫衣、保溫手套、保溫箱、保溫被等;
(5)冷凍產品要特別注重對鮮食產品的外觀檢驗，以防其變質;.
(6)冷凍產品的堆放，要盡可能遵守先進先出法;
(7)要特別注重對冷凍倉庫溫度與濕度的查看，并及時作出適當的調整。
