1、舊的體制、觀念等影響著5S的正常推行：在我國過去很長一段時間內，計劃經濟占主導地位，企業生產經營活動是按計劃進行，不需要考慮銷路，所以對生產和倉庫管理都不是很重視。而改革開放后，倉庫的管理也沒有及時跟上經濟的發展，導致倉庫管理不嚴、紀律松懈、現場管理混亂等等。
2、人員整體素質較低：目前從事倉庫工作的人員，很大部分學歷都是出于初中至大專之間，知識文化水平普遍較低，導致大部分人員對5S管理認知不到位，推行遇阻。
3、5S管理推行方式不對：5S管理推行方式不對主要表現在，倉庫開展5S管理時，宣傳不到位，導致工作人員不理解、不支持；組織落實不到位，沒有確認專職或兼職倉庫5S管理推行人員；制度落實不到位，沒有把5S管理的各種必要工作及其要求應形成書面文字，遵照執行，致使無法保證這項工作的規范化和制度化；檢查的落實不到位，檢查是實施5S管理的重要環節，但是在倉庫運營過程中往往表現為未來上級檢查而整理，導致5S檢查工作無意義；考核落實不到位，未包括獎勵與懲罰兩個方面。
4、推行人員態度不端正：畏懼困難，態度不正，作為推行人員，5S推行不好要負責，推行的好對個人也不一定有多大好處，因此選擇退縮求全，心態自然也就不正。同時，推行人員缺乏行動，缺乏實地調查的瞎指揮，推行忽視細節等等。