5、未來的不確定性左右自動化的是否能夠付諸實施。自動化設備屬于固定資產，投資巨大，若對未來預測不準，勢必會造成項目投資浪費，倉儲單量上升，但是設備規模太小又滿足不了需要;相對于人工可以召之即來，揮之即去的靈活性來說，優勢并不明顯。
6、公司內部各運作系統是否有能力匹配影響自動化順利實施。訂單系統，庫存管理系統，輸送系統，叉車導航系統，PBL(Pick By Light)/PTL(Put To Light)系統等等及其數據交換網絡連接，包括信號強度(尤其在壓力下)是否能一直保持實時透明度，以及應急預案。
7、設施設備管理能力及供應商的管理能力同樣影響自動化是否順利實施。比如響應時間，服務成本，協調配合度。越是自動庫，潛在瓶頸會越多，日常預防措施和測試必須時刻注意，目前國內此類服務供應商的能力和可選擇范圍也會成為一個挑戰;
8、人員的培訓，維護和紀律執行同樣是自動化必須面對的挑戰。培訓要求員工可以適應自動化操作，并堅持枯燥的重復性動作，這對員工來說是個挑戰。
9、對安全的認知程度也在影響自動化的進程。國內一些歐美企業，即使計算出來的投資回報率很難看，一些跨國企業在中國成立倉儲中心，無論從設計還是運行多少會帶上國外總部的倉庫影子，投資回報率需要讓位安全問題。