配送中心的作業流程是根據自身的特性、規模有所不同的。主要包括：進貨、搬運、儲存、盤點、訂單處理、揀貨、補貨、出貨、配送等。
1、進貨
進貨作業包括把貨品做實體上的接收，從貨車上將其貨物卸下，并核對該貨品的數量及狀態(數量檢查、品質檢查、開箱等)，然后記錄必要信息或錄入計算機。
2、搬運
即將不同形態之散裝、包裝或整體之原料、半成品或成品，在平面或垂直方向加以提起、放下或移動，可能是要運送，也可能是要重新擺置物料，而使貨品能適時、適量移至適當的位置或場所存放。在配送中心的每個作業環節都包含著搬運作業。
3、儲存
儲存作業的主要任務是把將來要使用或者要出貨的物料做保存，且經常要做庫存品的檢核控制，儲存時要注意充分利用空間，還要注意存貨的管理。
4、盤點
貨品因不斷的進出庫，在長期的累積下庫存資料容易與實際數量產生不符，或者有些產品因存放過久、不恰當，致使品質功能受影響，難以滿足客戶的需求。為了有效的控制貨品數量，需要對各儲存場所進行盤點作業。
5、訂單處理
由接到客戶訂貨開始至準備著手揀貨之間的作業階段，稱為訂單處理，包括有關客戶、訂單的資料確認、存貨查詢、單據處理以及出貨配發等。
6、揀貨
每張客戶的訂單中都至少包含一項以上的商品，如何將這些不同種類數量的商品由配送中心中取出集中在一起，此即所謂的揀貨作業。揀貨作業的目的也就在于正確且迅速地集合顧客所訂購的商品。
7、補貨
補貨作業包括從保管區域(Reserve Area)將貨品移到揀貨區域(Home Area)，并作相應的信息處理。
8、出貨
將揀取分類完成之貨品作好出貨檢查，裝入合適的容器，做好標示，根據車輛趟次別或廠商別等指示將物品運至出貨準備區，最后裝車配送。
9、配送作業
配送是指將被訂購之物品，使用卡車從配送中心送至顧客手中的活動。