WMS是倉庫管理系統，但很多ERP中也有倉庫管理模塊，他們功能貌似相同，但還有很多不同的特點。
WMS是倉庫管理系統(Warehouse Management System)的縮寫，倉庫管理系統是通過入庫業務、出庫業務、倉庫調撥、庫存調撥和虛倉管理等功能，綜合批次管理、物料對應、庫存盤點、質檢管理、虛倉管理和即時庫存管理等功能綜合運用的管理系統，有效控制并跟蹤倉庫業務的物流和成本管理全過程，實現完善的企業倉儲信息管理。該系統可以獨立執行庫存操作，也可與其他系統的單據和憑證等結合使用，可提供更為完整全面的企業業務流程和財務管理信息。
ERP倉儲管理模塊是ERP功能中針對倉庫管理的一個模塊，一般和財務系統連接使用，用于核算企業的物料成本及庫存情況，主要作用集中在采購信息的輔助以及事后成本的歸集計算。
二者面向的管理對象相同，但功能上有很多不同的地方，主要如下：
1、管理方式不同
ERP倉儲管理強調的是結果管理，WMS強調的是過程管理。
ERP倉儲管理是面向財務核算，WMS則是面向過程控制。
2、精細程度不同
ERP倉儲管理雖然也將倉儲劃分為庫區庫位，但因為沒有過程的校驗功能，很容易出現錯放亂放的情況，導致庫存管理的凌亂。而WMS則利用條碼技術對每個庫區庫位進行條碼標識，上下架都需要進行掃描確認，可以保障每筆出入庫業務的準確性，因而能實現精細的庫存管理。
ERP倉儲管理一般能實現物料的批次管理，沒辦法進行唯一化區別確認。而WMS則可包容批次管理及唯一性管理，針對部分貴重物品或關鍵物料進行唯一性編碼，增加物料管理的準確性。
3、效率不同
ERP倉儲管理部分廠家也集成了條碼管理功能，但功能更上存在缺陷，不能對其他廠家的條碼進行解析應用，沒有和條碼硬件及檢測硬件的集成，導致最終不能實際應用，出入庫、盤點、檢驗等業務仍需要手工輸入，效率低下。
WMS則解決了以上的問題，通過掃描出入庫及盤點增加了工作效率及準確率，而和檢測設備的集成不但減少了倉儲人員的工作量，增加了物料質量追溯的完整性，方便對供應商進行精細化考核。
4、適用范圍不同
ERP倉庫管理適用于品種批次不多，出入庫頻率不高、對保質期和追溯性要求不高的企業，WMS則適用于品種批次較多，出入庫頻度很高、對保質期和追溯性有很高要求的倉庫。
5、硬件集成應用不同
ERP倉儲管理基本沒有硬件的集成應用，WMS則和條碼設備、輸送設備、叉車終端、檢測設備等集成，實現倉庫作業管理的自動化應用。
6、拓展性不同
ERP倉儲管理屬于成型的軟件模塊，基本不支持客戶化開發，不能完全貼近自己的需求。WMS則靈活性很高，屬于在基礎軟件框架上的二次開發，更貼近客戶的需求。